Papildus mikroskopiem un Petri trauciņiem datori ir svarīgs mikrobiologu instruments. Mikrobioloģijas pētījumu programmatūra ietver rīkus, ko izmanto citas zinātnes un inženierzinātņu disciplīnas, kā arī specializētas lietojumprogrammas baktēriju un citu mikroorganismu izpētei. Daudzas valsts aģentūru, bezpeļņas fondu vai akadēmisko pētnieku izstrādātas lietojumprogrammas ir pieejamas kā bezmaksas programmatūra, lai lejupielādētu un izmantotu pēc jūsu eksperimenta vai laboratorijas vajadzībām.
Vizualizācijas rīki
Jūsu apkopoto neapstrādāto datu fiziskais vai garīgais attēls var palīdzēt labāk izprast to kvalitāti, nozīmīgumu un sekas. Mikrobioloģijas pētījumiem ir plaši pieejama atvērtā koda un komerciāla datu vizualizācijas programmatūra. Izveidojiet datu diagrammas un diagrammas, izmantojot LibreOffice Calc, Microsoft Excel vai Mondrian datu vizualizācijas sistēmu. Cell-O un RasMol lietojumprogrammas palīdz jums izveidot 2D un 3D animētus bioloģiski nozīmīgu molekulu modeļus, piemēram, olbaltumvielas un aminoskābes.
Matemātiskā modelēšana
Lielas mikrobioloģijas datu kolekcijas bieži vien sniedz daudz nozīmīgāku informāciju, tiklīdz tās ir skaitliski analizētas. MATLAB, Octave un SciPy programmatūras paketes, kas veic matemātisko precizēšanu, zinātnieku datu analīzi un modelēšanu. Izmantojiet šīs paketes, lai veiktu parametru novērtēšanu, izmantojot līknes pielāgošanu, epidemioloģiskās prognozes, baktēriju augšanas simulācijas un datu trokšņa vai stohastiskā efekta novēršanu. Šie lietojumi arī veic statistikas aprēķinus, piemēram, dispersijas analīzi vai Chi-square testus.
Genoma bioinformātika
Mikrobioloģijas lietojumprogrammas arī palīdz vizualizēt un iegūt informāciju no nukleīnskābju secības, kas veido mikroorganisma DNS. Atvērtais bioinformātikas fonds nodrošina bezmaksas, atvērtā koda DNS sekvencēšanas un analīzes lietojumprogrammas, piemēram, BioJava un Biopython, kas iegūst datus no genoma informācijas bankām, parsē organisma DNS kodu un salīdzina to ar citiem DNS paraugiem. Papildu genoma analīzes paketes ietver Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package vai PHYLIP un Sequence Manipulation Suite vai SMS.
Atsauces programmatūra
Straujais zinātnisko atklājumu temps mikrobioloģijā un valdības noteikumu maiņa liek būtiskam, ka mikrobiologiem ir pieejama ērta piekļuve informācijai, kas ietekmē viņu darbu. HUGO ir komerciāla programmatūras pakete, kas mikrobiologiem sniedz aktuālu informāciju par instrumentiem, ķīmiskām vielām, aprīkojumu, kultūras barotnēm, drošības prasībām, jauniem organismiem, taksonomiskām izmaiņām un antibiotikām. Turklāt pārtikas zinātnē strādājošie mikrobiologi var izmantot tīmekļa lietojumprogrammu ComBase Browser, lai piekļūtu ar pārtiku saistītiem mikrobioloģiskiem datiem, ko sniegušas valdības aģentūras Lielbritānijā, Austrālijā un Amerikas Savienotajās Valstīs.
